El Departamento de Ciencias Naturales conformado por las asignaturas de Biología, Química y Física tiene como objetivo principal ubicar al estudiante en su entorno vivo y físico para comprender la realidad y las interacciones que allí se presentan y poder intervenir en ella.
La dinámica del Departamento despierta en el estudiante el pensamiento científico a partir de los hallazgos del pensamiento concreto. Asimismo fomenta en los aprendices el deseo por reconocer su entorno, lograr la conexión con su cotidianidad y los cambios ambientales actuales, entendiendo que para ello es necesario el trabajo interdisciplinario donde la exploración, indagación, formulación de hipótesis, análisis de problemas y resultados llevan al educando al desarrollo del pensamiento crítico.